Huachinera se localiza en la sierra alta de Sonora, en un territorio habitado desde tiempos prehispánicos por el pueblo ópata. Su nombre proviene del vocablo ópata “huachinera”, que significa “Mesa de la Huata Sagrada”, en referencia al árbol de huata que abunda en la región.

En 1645, el misionero Cristóbal García fundó aquí la misión de San Juan Evangelista de Huachinera, con el propósito de evangelizar a las comunidades ópatas de la sierra. En sus orígenes, el poblado formó parte de la jurisdicción de Bacerac.

Durante el siglo XX, Huachinera fue primero comisaría hasta que, el 4 de abril de 1952, se constituyó como municipio libre e independiente. Hoy es parte del Circuito de la Sierra Alta, reconocido por sus bosques de pino y encino, su patrono San Ignacio de Loyola y atractivos naturales como El Salto y el Pico Guacamayas.